1609 m. Kretingoje įsteigta pirmoji parapinė mokykla. XIX amžiuje mokykla pertvarkyta į rusišką valdinę mokyklą, o 1915 metais – į lietuvišką pradžios mokyklą.

1937 m. pradėta statyti nauja pradžios mokykla. 1939 m. kovo mėnesį įvyko oficialus mokyklos atidarymas. Mokyklai vadovavo Stasys Juodikis. Antrasis pasaulinis karas mokyklos darbo nenutraukė.

Po karo Kretingos pradinė mokykla buvo didžiausia respublikoje, jai vadovavo Juozas Kazlauskas, vėliau – Petras Kaupas.

1971 m. mokykla reorganizuota į Kretingos aštuonmetę mokyklą, 1976 metais – į Kretingos 2-ąją vidurinę mokyklą, mokyklai vadovavo Algirdas Kecorius.

1979 m. buvo išleista pirmoji abiturientų laida.

1992–2011 metais mokyklai vadovo Gerardas Aleksas Trumpis.

1995 m. lapkričio 16 d. Kretingos rajono mero potvarkiu Nr. 369 Kretingos antroji vidurinė mokykla pavadinta Marijono Daujoto vardu.

2012 m. rugsėjo 1 d. mokykla reorganizuota į Kretingos Marijono Daujoto pagrindinę mokyklą.

2011–2018 metais mokyklai vadovavo Julius Gindulis.

2018 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo Marijono Daujoto progimnazija.